No ano de 2013, foi erigida na cidade de Manaus a Congregação Mariana da Imaculada Conceição e Santo Afonso de Ligório, tendo sido aprovado no ano seguinte pela Arquidiocese de Manaus, na pessoa de seu arcebispo, à época Dom Sérgio Castriani. Este sodalício – cuja espiritualidade se fundamenta na promoção da Missa Tridentina e em uma devoção especial à Virgem Maria, expressa por meio de uma consagração e do seguimento de uma Regra de Vida – influenciaria profundamente os fiéis ao seu redor, criando não apenas uma agremiação espiritual, mas também social e escolar.
Após algum tempo de maturação, em 2017 se iniciou a idealização do projeto de um colégio, em que essa agremiação de famílias pudesse se desenvolver e estender a tantos quanto possível fosse os influxos a que norteiam seus princípios filosóficos e pedagógicos.
Por sua origem, o Colégio Santo Afonso é intrinsecamente um colégio confessional de inspiração católica e orienta seus princípios e fins no cumprimento da visão epistemológica e pedagógica católica da Educação. Para designar sua pedagogia, ao atributo católico, agrega o Colégio o atributo clássico, designando sua pedagogia como “Educação Católica Clássica” para designar a concepção educacional inaugurada pela cultura greco-romana e assimilada pela cristandade católica, pautada nas Artes Liberais, nas Humanidades e em uma visão integral do homem. considerado como ente formado de corpo animal e alma racional e imortal.
Em outubro de 2018, foi constituída a Associação Cultural e Educacional São João Batista de La Salle, associação sem fins lucrativos, mantenedora do colégio. A partir de sua fundação, a associação mantenedora passou a realizar uma série de eventos e ações de levantamento de fundos e de divulgação da proposta do colégio, das quais se destacam o primeiro e o segundo “Simpósio Amazonense de Educação Católica Clássica”.
Após muitos desafios, particularmente burocráticos e financeiros, em fevereiro de 2019 foi alugado o imóvel da primeira unidade, uma casa adaptada no bairro Dom Pedro, Zona Centro-Oeste de Manaus, onde antes já havia funcionado uma creche. O imóvel, embora antigo e modesto, passou a receber os cuidados da associação a fim de prepará-lo para receber seus primeiros alunos no ano seguinte.
Em maio de 2019, o colégio teve finalizada a primeira de suas obras: sua capela. Inaugurada em 24 de maio, dia de Nossa Senhora Auxiliadora, contanto com a presença e a benção do Arcebispo Metropolitano de Manaus, Dom Sergio Eduardo Castriani, a pequena capela do colégio passou a contar com a presença eucarística e a receber missas e visitas dos fiéis locais e vinculados à espiritualidade da Congregação.
Em agosto de 2019, iniciou-se uma série de cursos ministrados no colégio, como espécie de turma-piloto. Um curso de reforço em alfabetização pelo método fônico com oito crianças, outro de reforço de matemática individual, outro de latim e humanidades clássicas para onze jovens, outro de francês para mais de vinte adultos, outro de educadores para mais de trinta pais, pedagogos e interessados. Muitos dos alunos desses cursos eram bolsistas, o que evidencia uma dimensão caritativa do projeto desde antes de seu primeiro ano letivo.
No ano de 2020, o Colégio Santo Afonso iniciou suas atividades com Educação Infantil, para turmas de Maternal I e II e Pré-Escola em 1º e 2º período, para crianças de dois a cinco anos. Contando com 22 alunos em seu primeiro ano, o Colégio teve que enfrentar grandes dificuldades: a natural inexperiência que teve de ser superada diariamente, as dificuldades e entraves para a conclusão do credenciamento do colégio, a elaboração do material pedagógico e, em particular, a maior pandemia dos tempos modernos. Apesar das dificuldades, a experiência foi enriquecedora e deu ao colégio garantia da viabilidade e da qualidade de sua proposta pedagógica. Mesmo com o hiato dos meses de pandemia, foi possível acompanhar um enorme progresso nas crianças e um profundo amadurecimento no corpo de discentes e da associação mantenedora.
No ano de 2021, o Colégio fez uma primeira expansão, atendendo crianças do 1º ano do Ensino Fundamental e abrindo turmas também pela tarde. Dadas as condições do imóvel e a inviabilidade de permanência nele para a continuidade dos processos de credenciamento, fez-se necessária a mudança de endereço, o que foi realizado no início do ano de 2022, para a nova unidade no bairro Adrianópolis.
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