As atividades extracurriculares oferecidas no Colégio pelo contraturno aos alunos do integral e semi-integral são organizadas em clubes, regidos por um professor junto a seus pupilos. Cada um tem certo grau de autonomia. A maioria, também, possui uma mensalidade simbólica à parte. Dentre os clubes do Colégio, destacam-se:

Clube Descrição
Xadrez Voltado ao estímulo e desenvolvimento do raciocínio-lógico e das funções executivas do planejamento, da memória e do controle inibitório, além de ensinar paciência, lealdade, humildade, perseverança, e que todas as ações têm consequências.O clube de xadrez divide os alunos em níveis de habilidade a fim de trabalhar as estratégias, aliadas ao caráter lúdico da prática do jogo.
Astronomia Parte do Quadrivium, aprofunda o estudo das Ciências colocando as crianças diante da admiração da grandeza e vastidão da Criação. Nas aulas, estudam-se os astros, as galáxias e a estrutura do cosmo, bem como as leis que os regem, introduzindo os rudimentos da Física.O clube de astronomia tem como um dos marcos a participação na OBA/MOBFOG. Outro marco são as noites astronômicas, em que professores e alunos, junto com seus pais, participam da observação astronômica.
Bordado e Costura Voltado para as moças que têm interesse na atividade manual do bordado e da costura, desenvolvendo a criatividade, a paciência, a perseverança e as habilidades.
Computação Voltado ao duplo objetivo a capacitação na informática básica, no uso das tecnologias e o ensino de lógica e linguagens de programação, este curso desenvolve e aprimora as capacidades de raciocínio lógico, raciocínio matemático e a criatividade e dos alunos, possibilitando-os, ainda, a aprender os rudimentos de uma profissão altamente rentável. O clube de computação tem como um dos marcos a participação na OBI – Olimpíada Brasileira de Informática
Ciências e Física Voltado ao desenvolvimento da apreciação do método científico e da admiração que leva à sã curiosidade frente ao mundo. O clube de ciências foca sobretudo nos seres vivos, envolvendo a observação, classificação e desenvolvimento e reprodução de hipóteses sobre os seres e os fenômenos naturais.
Teatro Voltado para a formação retórica, para a confiança, expressividade, memorização e eloquência, o clube do teatro congrega os alunos para o estudo e exercícios de técnicas de expressão e retórica, além de colocá-los em contato com grandes obras .Do ponto de vista prático, o clube de teatro também prepara as apresentações das grandes festas do calendário, como a Festa de Santo Afonso e a Cantata de Natal.
Instrumentos Voltado para o estudo da teoria musical aplicada a instrumentos como flauta, violino, teclado, violão
Coral Voltado para o estudo da teoria musical aplicada à voz, reproduzindo músicas de alto valor musical, majoritariamente da época medieval, barroca e renascentista, e música sacra.Este clube tem por objetivo, ainda, o preparo para apresentações musicais do colégio ou fora dele.
Acólitos Voltado para os rapazes que têm interesse em auxiliar as cerimônias litúrgicas que ocorrem no colégio.
Pia União Voltado para os moças que têm interesse num aprofundamento espiritual proporcionado pela secular entidade da Pia União das Filhas de Maria.
Esportes Clube voltado ao desenvolvimento de práticas desportivas como futebol, atletismo, tênis de mesa e vôlei.